2020 年11月13日，习近平总书记在视察南水北调东线工程源头江都水利枢纽时指示，“要继续推动南水北调东线工程建设，完善规划和建设方案，确保南水北调东线工程成为优化水资源配置、保障群众饮水安全、复苏河湖生态环境、畅通南北经济循环的生命线”。东线后续工程是国家水网主骨架和大动脉的重要组成部分，工程沿线是京津冀协同发展、雄安新区建设、大运河文化保护传承利用、华北地下水超采综合治理等国家重大战略实施的集中承载地，同时在确保国家经济安全、粮食安全和生态安全等方面具有不可替代的作用。因此，加快建设东线后续工程意义重大。
东线一期工程自2013年建成通水以来，累计抽江水量超300亿立方米、向山东省调水53亿立方米，惠及人口6900多万，干线水质稳定在Ⅲ类标准以上，发挥了显著的经济、社会和生态效益。经测算，2022—2023调水年度已达到规划设计值的80%左右。为推进南水北调后续工程高质量发展，加强对后续工程的统筹协调和顶层设计，党中央、国务院批准成立了推进南水北调后续工程高质量发展领导小组，形成了推进后续工程建设的下一步工作思路，明确了东线工程跨流域跨区域多功能综合输水系统的功能定位，要求按照“一干多支扩面”的布局思路，增加调水规模和覆盖范围，增加农业和生态供水目标，延伸调水线路至京津冀。目前，有关部委正在组织开展东线后续（二期）工程可研报告编制工作，并已形成了初步成果。
全面推进中华民族伟大复兴的战略部署，要求优化基础设施布局、结构、功能和系统集成，构建现代化基础设施体系。南水北调工程作为重大战略性基础设施，在国家水网构建中起着举足轻重的作用。目前，东线一期工程供水范围、规模与发挥“四条生命线”作用的战略定位、国家水网主骨架和大动脉的工程地位、保障大运河全线常年有水的支撑作用等要求尚不匹配；水资源可利用量与经济社会发展对水资源刚性需求之间的矛盾十分严峻；地下水长期超采引发的生态环境问题突出，形成的地下水亏缺需持续弥补，河湖生态十分脆弱；华北地区有效灌溉面积农业供水保证率不足50%，灌溉水源不足严重制约粮食稳产及增产。这些均对科学推进后续工程规划建设、尽快实施东线后续（二期）工程提出了迫切要求。鉴于在推进东线后续（二期）工程过程中存在的线路布局尚未达成共识、体制机制亟需进一步完善等问题，倪晋仁就加快建设东线后续（二期）工程提出如下建议。
一、尽快确定合理的线路布局方案。考虑部分线路布局与地方利益之间存在矛盾，应坚持局部利益服从整体利益、局部方案服从整体规划的原则，由推进后续工程高质量发展领导小组牵头，加大行政协调力度，尽快取得基本共识。
二、加快机制开发与完善工作。由国家发展和改革委员会、水利部、国资委等部门抓紧组织研究提出理顺体制机制的实施方案。同时，国家发展和改革委员会、财政部等有关部门尽快完善水价及水费收缴机制，制定出台东线工程农业和生态供水财政补贴政策，提高沿线省市用水积极性。
三、促进东线后续工程尽早开工。东线后续（二期）工程属于看得准、迟早要干、晚干不如早干的重大战略性基础设施项目。水利部、南水北调集团等相关部门，抓紧组织完成东线二期可研论证工作，按照程序报批。国家发展和改革委员会加大支持力度，尽快审核批复可研报告，促进工程尽早开工建设。